医療法人の設立に際して都道府県のルール（運転資金や資産等最低限の経営資源を基金での確保をすることの要求）により、当初入れる基金が大きくなってしまうことはありませんでしょうか。

平成18年の第５次医療法改正により平成19年4月1日以降はいわゆる出資持分のある経過措置型医療法人は設立不可となり、新規設立の社団型医療法人はすべて持分のない基金型法人となります。

さて基金型医療法人の経営原資の獲得手段である「基金
は、法人税法上資本または出資に含まれるのでしょうか。

基金の性質は、
・基金はいわゆる劣後債であること
・剰余金の配当を目的としない原資の確保であること
・基金拠出者が議決権を有するわけではなく、社員が議決権を有する
というものです。

これは会社法上の資本金または出資とは大きく性質を異にするものであり、資本金または出資であるとはいえず、資本金または出資には該当しないとされています。法人税の特例の判定や法人県民税市民税などの均等割の判定にも影響するため注意が必要です。

なお、上記内容については、国税局ＨＰにおいて文書回答事例が公開されております。

回答年月日　　平成21年4月24日
回答者　　　　大阪国税局審理課長
http://www.nta.go.jp/osaka/shiraberu/bunshokaito/hojin/090424/index.htm